Ingénieur.e en bio-informatique - Analyse de génomes et transcriptomes d’Aeschynomene Emploi Plein temps
il y a 3 mois - IT & Telecoms - Castanet-TolosanDétails de l'annonce
Description complète du poste
31320 Castanet-Tolosan
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Présentation INRAE
L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.
Environnement de travail, missions et activités
La plate-forme Bioinfo Genotoul (http://bioinfo.genotoul.fr/), hébergée par l’unité INRAE MIAT (Mathématique et Informatique Appliquée de Toulouse) accompagnent un grand nombre de projets de traitement de séquences. Elle collabore, entre autres, au projet SymWay (https://anr.fr/Projet-ANR-21-CE20-0011) dont le but est d’étudier une nouvelle voie symbiotique pour l'infection rhizobienne et la nodulation chez les légumineuses. Ce projet est porté par Jean-François Arrighi de l’unité de recherche PHIM (Plant Health Institute of Montpellier) et est réalisé en collaboration avec des équipes à Toulouse et à Montpellier. La plate-forme Genotoul Bioinfo effectuera les analyses bioinformatiques du projet.
Les travaux réalisés le CDD recruté seront :
l’assemblage et l’annotation de deux génomes d’Aeschynomene (données PacBio HiFi et Hi-C)
l’analyse du transcriptome d’un grand nombre d’espèces de la même famille (RNA-Seq de novo)
la mise en œuvre des autres analyses bio-informatiques du projet (recherche de gènes d’intérêt, de variations génomiques,...
Formations et compétences recherchées
Licence/Master (Bac+3/5)
Master 2 en bio-informatique (ou informatique)
Maîtriser d'Unix
Savoir développer en Perl et Python
Avoir une première expérience dans le traitement de séquences
Un expérience d'utilisation d'un cluster sera également appréciée
Qualités relationnelles et intérêt pour le travail en équipe
Votre qualité de vie à INRAE
En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :
J'ENVOIE MON CV ET MA LETTRE DE MOTIVATION
RÉFÉRENCE DE L'OFFRE
Contrat : Mission temporaire
Durée : 12 mois
Début du contrat : 01/12/2023
Rémunération : 2136,49€ (peut évoluer selon expérience)
N° de l'offre : OT-19106
Date limite : 21/10/2023
LE CENTRE
Occitanie-Toulouse
PLUS D'INFOS SUR LE CENTRE
0875 MIAT
31320 Castanet-Tolosan
SITE WEB
CONTACT
CHRISTOPHE KLOPP
christophe.klopp@inrae.fr
CLAIRE HOEDE
claire.hoede@inrae.fr
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Présentation INRAE
L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.
Environnement de travail, missions et activités
La plate-forme Bioinfo Genotoul (http://bioinfo.genotoul.fr/), hébergée par l’unité INRAE MIAT (Mathématique et Informatique Appliquée de Toulouse) accompagnent un grand nombre de projets de traitement de séquences. Elle collabore, entre autres, au projet SymWay (https://anr.fr/Projet-ANR-21-CE20-0011) dont le but est d’étudier une nouvelle voie symbiotique pour l'infection rhizobienne et la nodulation chez les légumineuses. Ce projet est porté par Jean-François Arrighi de l’unité de recherche PHIM (Plant Health Institute of Montpellier) et est réalisé en collaboration avec des équipes à Toulouse et à Montpellier. La plate-forme Genotoul Bioinfo effectuera les analyses bioinformatiques du projet.
Les travaux réalisés le CDD recruté seront :
l’assemblage et l’annotation de deux génomes d’Aeschynomene (données PacBio HiFi et Hi-C)
l’analyse du transcriptome d’un grand nombre d’espèces de la même famille (RNA-Seq de novo)
la mise en œuvre des autres analyses bio-informatiques du projet (recherche de gènes d’intérêt, de variations génomiques,...
Formations et compétences recherchées
Licence/Master (Bac+3/5)
Master 2 en bio-informatique (ou informatique)
Maîtriser d'Unix
Savoir développer en Perl et Python
Avoir une première expérience dans le traitement de séquences
Un expérience d'utilisation d'un cluster sera également appréciée
Qualités relationnelles et intérêt pour le travail en équipe
Votre qualité de vie à INRAE
En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :
- jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.
J'ENVOIE MON CV ET MA LETTRE DE MOTIVATION
RÉFÉRENCE DE L'OFFRE
Contrat : Mission temporaire
Durée : 12 mois
Début du contrat : 01/12/2023
Rémunération : 2136,49€ (peut évoluer selon expérience)
N° de l'offre : OT-19106
Date limite : 21/10/2023
LE CENTRE
Occitanie-Toulouse
PLUS D'INFOS SUR LE CENTRE
0875 MIAT
31320 Castanet-Tolosan
SITE WEB
CONTACT
CHRISTOPHE KLOPP
christophe.klopp@inrae.fr
CLAIRE HOEDE
claire.hoede@inrae.fr
